提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
四川公示一新冠治疗药品 首发报价:795元/盒******
记者从四川省医疗保障局获悉,2月3日,四川省医疗保障局正式公示上海旺实生物医药科技有限公司自主申报的氢溴酸氘瑞米德韦片(商品名:民得维)首发报价,每疗程795元的新款国产新冠治疗药品有望快速进入中国市场。
据介绍,1月6日,国家医保局办公室印发《新冠治疗药品价格形成指引(试行)》,将四川省医疗保障局作为新冠治疗药品首发价格受理单位,对首次进入国内医药集中采购市场销售的新冠治疗药品,实行首发报价集中受理、全国通行。
1月29日,上海旺实生物医药科技有限公司的1类创新药氢溴酸氘瑞米德韦片(商品名称:民得维)等两款口服小分子新冠病毒感染治疗药物,由国家药监局按照药品特别审批程序应急审评审批附条件批准上市。其后迅速向四川省医疗保障局提交首发报价申请,四川省医疗保障局按照规定及时受理企业申请并第一时间进行公示,对该药品进入临床、丰富新冠治疗临床用药选择起到了促进作用。
成都商报-红星新闻记者 王拓